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1培养法
水中细菌的浓度与该水源生物污染可能性是有直接关系的，细菌总数(TBC)是水样中已有微生物总数量的定量，按照TMF60规法，用方式过滤一定量的水样来确定细菌总数。将截留在过滤介质表面的生物组织置于一定的营养物中进行培养，形成菌落，通过低倍放大镜就可以观察到并对菌落进行计数。
这一方法的主要优点是无需昂贵的仪器设备就可以进行，但是测定结果要等到7天之后才能得出，被计数的菌落也仅为标活微生物总量的1—10%。技术然表示微生物污染可能性程度和趋势的有效方法。它可以用于观浓水和产水中的情况。如果浓水中总细菌数增加，就表明膜元件内出现了生物膜污染。
2、直接细菌计数
直接计数技术采取先过滤水样，然后在显微镜下直接对截留在过滤介质上的微生物进行计数。为了使得微生物能够观察必须对微生物用沙黄进行着色，然后在透光荧光显微镜下进行计数。
这样总微生物的精确数量就可以立刻获得，微生物的类型可以从沉积颗粒上进行区分。但是细胞组织的死活情况就行区分。这时要采用细，样可以使用相差与微分干扰显从死细胞中区分出活细胞来。因为它比培养法更快更精确，应优先选择直接细菌计数法。
3、生物膜检测
未经处理的原水、膜装置进水和浓水中的微生物含量是评估潜在生物污染的重要指标。但其它因素如营养成份的浓度和种类、操作参数也决定了生物膜的发展，某些研究者开展生物膜形成的研究表明，人们还没有充分认识清楚生物膜，早期确认产生生物膜的最好办法是观察进水中试样的表面，即所谓“Robbin试样”，它是将小型试样置于水样中的一个简单的装置，这些安置在表面的试样可以按一定时间间隔移走，检查所附着的细菌情况。实际系统操作过程中，定期仔细地检查保安滤器滤芯以及进水和浓水管内表面，也是有效的做法，当出现粘泥和异味时就表明有微生物污染。
4、其它方法
可以用Wener 方法估计某一水源细菌出现的可能性，它是样品进行移植的方法。水样经过滤并灭菌，然后加入灭菌过的无机盐营养液，用灭菌过的过滤器过滤水样，再从该过滤介质表面冲洗下来一定体积细菌悬浮物进行移植培养。用光散射的方法，定量地根据浓度的增加来确定细菌的产生速率。别的方法还有测量可吸收有机碳或生物可降解有机碳的含量。
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